Me respondo todo a mí mismo, tal vez pueda ser útil para alguien.
No necesita guardar su función en el servidor. Supongamos que tengo que usar una función javascript foo en mapa-reducir. Puedes seguir este ejemplo:
String map = "function(){"
+ "foo = function(parameters) {...here you have to write foo code...}
+ ".....now you can use foo function in your map reduce......."
Entonces, simplemente defina en la función de mapa su función foo y luego podrá hacerlo dentro de su código de reducción de mapa.
