Todas las operaciones individuales en Postgres se envuelven automáticamente en transacciones y todas las operaciones en un solo documento en MongoDB son atómicas. La atomicidad no es realmente una razón para preferir una base de datos sobre la otra en este caso.
Si bien los recuentos individuales pueden ser bastante altos, si solo almacena recuentos agregados y no cada instancia de un recuento, la cantidad total de registros no debería ser demasiado significativa. Incluso si está rastreando millones de dominios, tanto Mongo como Postgres funcionarán igual de bien.
MongoDB es una buena solución para registrar eventos, pero considero que Postgres es preferible si desea realizar muchos análisis relacionales interesantes sobre los datos analíticos que está recopilando. Para hacerlo de manera eficiente en Mongo, a menudo se requiere un alto grado de desnormalización, por lo que pensaría más en cómo planea usar los datos en el futuro.
