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Calcule una puntuación a partir de campos existentes con condiciones

Hay varios problemas con su implementación. En primer lugar, está utilizando find() método incorrectamente ya que está especificando demasiados argumentos para la consulta:

MyModel.find(
    { Mkt_Al : Mkt_Air }, 
    { Orig : Origin }, 
    { Dest : Thru_Point }, 
    { Eff_Date : Effective_Date }
).lean().exec(function(err, docs) { .. }

debería ser

MyModel.find({ 
    Mkt_Al: Mkt_Air, 
    Orig: Origin, 
    Dest: Thru_Point, 
    Eff_Date: Effective_Date 
}).lean().exec(function(err, docs) { ... }

De nuevo, no deberías usar find() en este caso porque solo necesita un único documento que coincida con la consulta para usar en sus cálculos. Tomando el algoritmo complejo de su pregunta cerrada anterior:

Usando MyModel.findOne() debería ser suficiente para las tareas 3, 4 y 5 anteriores. Sin embargo, debido a la naturaleza asincrónica de las llamadas, necesitará anidar las consultas pero, afortunadamente, la profundidad de las llamadas anidadas no es superior a 3; de lo contrario, se encontrará con un boleto de ida al Callback Hell. Para evitar estos errores comunes, es mejor usar Promises (dado que las consultas nativas de mongoose de forma predeterminada pueden devolver un Promise ) o use el node-async paquete que incluye una serie de funciones para hacer frente a situaciones como esta.

Si usa async biblioteca, le permite ejecutar de manera eficiente múltiples tareas asincrónicas (como MyModel.findOne() llamadas) que dependen unos de otros y cuando todos terminan hacer otra cosa. En lo anterior, podría usar async.series() método.

El siguiente ejemplo demuestra el concepto anterior donde puede calcular el Qsi de los siguientes documentos de muestra en la base de datos de prueba.

Rellene la colección vol de la base de datos de prueba:

db.vols.insert([
    {    
        "Mkt_Al" : "2G",
        "Stops" : 0,
        "Seats" : 169,
        "Block_Mins" : 230,                
        "Ops_Week" : 3,        
        "Orig" : "AGP",
        "Dest" : "OTP",
        "Thru_Point" : "",
    },
    {    
        "Mkt_Al" : "2G",
        "Stops" : 1,
        "Seats" : 260,              
        "Block_Mins" : 260,
        "Ops_Week" : 2,  
        "Orig" : "CEK",
        "Dest" : "IKT",
        "Thru_Point" : "OVB",
    },
    {    
        "Mkt_Al" : "2G",
        "Stops" : 0,
        "Seats" : 140,
        "Block_Mins" : 60,
        "Ops_Week" : 2,        
        "Orig" : "BEK",
        "Dest" : "OTP",
        "Thru_Point" : "",
    },
    {    
        "Mkt_Al" : "2G",
        "Stops" : 0,
        "Seats" : 160,
        "Block_Mins" : 90,
        "Ops_Week" : 3,        
        "Orig" : "CEK",
        "Dest" : "OVB",
        "Thru_Point" : "",
    },
    {    
        "Mkt_Al" : "2G",        
        "Stops" : 0,
        "Seats" : 60,
        "Block_Mins" : 50,
        "Ops_Week" : 3,        
        "Orig" : "OVB",
        "Dest" : "IKT",
        "Thru_Point" : "",
    }
])

Aplicación Node.js:

var mongoose = require('mongoose'),
    express = require('express'),
    async = require('async'),
    Schema = mongoose.Schema;

mongoose.connect('mongodb://localhost/test');
var volSchema = new Schema({},{ strict: false, collection: 'vols' }),    
    Vol = mongoose.model("Vol", volSchema);

mongoose.set('debug', false);

mongoose.connection.on("open", function (err) {
    if (err) throw err;  
    var bulkUpdateOps = Vol.collection.initializeUnorderedBulkOp(), 
        counter = 0;

    Vol.find({}).lean().exec(function (err, docs) {
        if (err) throw err; 
        var locals = {};

        docs.forEach(function(doc) {            
            locals.c1 = 0.3728 + (0.00454 * doc.Seats);         
            locals.c3 = doc.Ops_Week;

            if (doc.Stops == 1) {               
                async.series([
                    // Load doc with first leg first
                    function(callback) {
                        Vol.findOne({ 
                            Mkt_Al: doc.Mkt_Al,
                            Orig: doc.Orig,
                            Dest: doc.Dest                          
                        }).lean().exec(function (err, flight) {
                            if (err) return callback(err);
                            locals.first_leg = flight.Block_Mins;
                            callback();
                        });
                    },
                    // Load second leg doc 
                    // (won't be called before task 1's "task callback" 
                    // has been called)
                    function(callback) {                    
                        Vol.findOne({ 
                            Mkt_Al: doc.Mkt_Al,
                            Orig: doc.Thru_Point,
                            Dest: doc.Dest                          
                        }).lean().exec(function (err, flight) {
                            if (err) return callback(err);
                            locals.second_leg = flight.Block_Mins;
                            callback();
                        });
                    }
                ], function(err) { // This function gets called after the
                    // two tasks have called their "task callbacks"
                    if (err) throw err;
                    // Here locals will be populated with `first_leg` 
                    // and `second_leg`
                    // Just like in the previous example
                    var total_flight = locals.second_leg + locals.first_leg;                    
                    locals.c2 = 0.03;
                    locals.c4 = Math.pow((doc.Block_Mins / total_flight), -0.675);                    

                }); 
            } else {
                locals.c2 = 1;
                locals.c4 = 1;
            }

            counter++;
            console.log(locals);
            bulkUpdateOps.find({ "_id" : doc._id }).updateOne({ 
                "$set": { 
                    "Qsi": (locals.c1 * locals.c2 * locals.c3 * locals.c4) 
                } 
            });

            if (counter % 500 == 0) {
               bulkUpdateOps.execute(function(err, result) {          
                    if (err) throw err; 
                    bulkUpdateOps = Vol.collection.initializeUnorderedBulkOp();                        
                });
            } 
        });

        if (counter % 500 != 0) {
            bulkUpdateOps.execute(function(err, result) {
                if (err) throw err; 
                console.log(result.nModified);                
            });
        }   
    });
});

Resultado de muestra:

db.vols.find()

/* 1 */
{
    "_id" : ObjectId("5767e7549ebce6d574702221"),
    "Mkt_Al" : "2G",
    "Stops" : 0,
    "Seats" : 169,
    "Block_Mins" : 230,
    "Ops_Week" : 3,
    "Orig" : "AGP",
    "Dest" : "OTP",
    "Thru_Point" : "",
    "Qsi" : 3.42018
}

/* 2 */
{
    "_id" : ObjectId("5767e7549ebce6d574702222"),
    "Mkt_Al" : "2G",
    "Stops" : 1,
    "Seats" : 260,
    "Block_Mins" : 260,
    "Ops_Week" : 2,
    "Orig" : "CEK",
    "Dest" : "IKT",
    "Thru_Point" : "OVB",
    "Qsi" : 3.1064
}

/* 3 */
{
    "_id" : ObjectId("5767e7549ebce6d574702223"),
    "Mkt_Al" : "2G",
    "Stops" : 0,
    "Seats" : 140,
    "Block_Mins" : 60,
    "Ops_Week" : 2,
    "Orig" : "BEK",
    "Dest" : "OTP",
    "Thru_Point" : "",
    "Qsi" : 2.0168
}

/* 4 */
{
    "_id" : ObjectId("5767e7549ebce6d574702224"),
    "Mkt_Al" : "2G",
    "Stops" : 0,
    "Seats" : 160,
    "Block_Mins" : 90,
    "Ops_Week" : 3,
    "Orig" : "CEK",
    "Dest" : "OVB",
    "Thru_Point" : "",
    "Qsi" : 3.2976
}

/* 5 */
{
    "_id" : ObjectId("5767e7549ebce6d574702225"),
    "Mkt_Al" : "2G",
    "Stops" : 0,
    "Seats" : 60,
    "Block_Mins" : 50,
    "Ops_Week" : 3,
    "Orig" : "OVB",
    "Dest" : "IKT",
    "Thru_Point" : "",
    "Qsi" : 1.9356
}