Puede hacer esto en el shell de Mongo llamando a map
en el cursor así:
var a = db.c.find({}, {_id:1}).map(function(item){ return item._id; })
El resultado es que a es una matriz de solo el _id valores.
La forma en que funciona en Node es similar.
(Este es el controlador de nodo MongoDB v2.2 y Nodo v6.7.0 )
db.collection('...')
.find(...)
.project( {_id: 1} )
.map(x => x._id)
.toArray();
Recuerda poner map antes toArray como este map NO es el map de JavaScript función, pero es la proporcionada por MongoDB y se ejecuta dentro de la base de datos antes de que se devuelva el cursor.