Puede usar una sintaxis diferente a la que está intentando que logre el mismo resultado pero no se encuentre con la limitación en SERVER-3544.
Utilice esta sintaxis:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Esto coincidirá con cualquier documento que tenga un elemento de matriz con 313 y 6 o 19.
También funciona con {$in:[]} tanto para defindex como para _particleEffect, siempre que pretenda hacer coincidir cualquier combinación de las dos listas.
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
