Cómo eliminar valores duplicados dentro de una lista en mongodb

Puedes usar un bucle foreach con algo de javascript:

db.bill.find().forEach(function(entry){
     var arr = entry.bill_codes;
     var uniqueArray = arr.filter(function(elem, pos) {
        return arr.indexOf(elem) == pos;
     }); 
     entry.bill_codes = uniqueArray;
     db.bill.save(entry);
})