Tuve el mismo problema hace un par de semanas. La carpeta de la base de datos en el sistema de archivos era propiedad del usuario equivocado. Un simple chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name ¡hizo el truco!
Todo se explica aquí:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (es italiano, pero es bastante claro)
Saludos
