MongoDB:¿Cómo actualizo un solo subelemento en una matriz, al que hace referencia el índice dentro de la matriz?

Como era de esperar, la consulta es fácil una vez que sabes cómo. Aquí está la sintaxis, en python:

db["my_collection"].update(
    { "_id": ObjectId(document_id) },
    { "$set": { 'documents.'+str(doc_index)+'.content' : new_content_B}}
)