Una base de datos mongo dada se divide en una serie de archivos BSON en el disco, con un tamaño creciente hasta 2 GB. BSON es su propio formato, creado específicamente para MongoDB.
Estas diapositivas deberían responder a todas sus preguntas:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database
