Puede rechazar el enlace si falta un evento, Stripe lo intentará más tarde, pero si quiere que suceda rápido, puede hacer un pequeño bucle esperando un máximo de 10 segundos y quién verifica cada segundo si llega un evento faltante).
Tengo el mismo problema al actualizar un plan de facturación, el evento factura.actualizado llega antes que factura.creada...