Puede crear el siguiente índice:
db.posts.ensureIndex({"comments.author" : 1})
Esto indexará solo el campo de autor de los documentos incrustados. Tenga en cuenta que el índice se utilizará para
db.posts.find( { "comments.author" : "julie" } )
Así como
db.posts.find( { comments: {$elemMatch: {author : "julie" }}} )