MongoDB:el operador $setIsSubset no funciona con la etapa $match

Debe usar $expr si desea utilizar $setIsSubset (que es una expresión) dentro de $match :

db.test.aggregate([
    {
        $match: {
            $expr: {
                $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}
            }
        }
])

Para versiones de MongoDB inferiores a 3.6 puede usar $redact :

db.test.aggregate([
    {
        $redact: {
            $cond: {
                if: { $eq: [ { $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}, true ] },
                then: "$$KEEP",
                else: "$$PRUNE"
            }
        }
    }
])