MongoDB CursorNotFound Error en collection.find() para unos pocos cientos de registros pequeños

Puedes probar estas 3 cosas:

a) Establecer el cursor a falso

db.collection.find().noCursorTimeout();

Debe cerrar el cursor en algún punto con cursor.close();

b) O reducir el tamaño del lote

db.inventory.find().batchSize(10);

c) Vuelva a intentarlo cuando el cursor expire:

let processed = 0;
let updated = 0;

while(true) {
    const cursor = db.snapshots.find().sort({ _id: 1 }).skip(processed);

    try {
        while (cursor.hasNext()) {
            const doc = cursor.next();

            ++processed;

            if (doc.stream && doc.roundedDate && !doc.sid) {
                db.snapshots.update({
                    _id: doc._id
                }, { $set: {
                    sid: `${ doc.stream.valueOf() }-${ doc.roundedDate }`
                }});

                ++updated;
            } 
        }

        break; // Done processing all, exit outer loop
    } catch (err) {
        if (err.code !== 43) {
            // Something else than a timeout went wrong. Abort loop.

            throw err;
        }
    }
}