De hecho, puedo reproducir esto. Usando un índice único para 2dsphere no es algo que creo que deba ser apoyado. La resolución del índice no es lo suficientemente alta como para ver que sus dos puntos no son iguales. Nuestra implementación del índice S2 solo usa "celdas" con un lado mínimo de 500 m y sus puntos están a unos 65 metros de distancia entre sí.
Hay una presentación fascinante en https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 eso explica cómo funciona el índice.
Sin embargo, por ahora no creo que haya una solución a su problema, pero investigaré un poco más.
