De acuerdo con las Notas de la versión para MongoDB 3.6 https://docs.mongodb.com/manual/release-notes/3.6/
(@ Controladores compatibles) para obtener acceso a las funciones de mongodb 3.6, se requiere usar el controlador de nodo 3.x.
Parece que el controlador está en estado RC (a partir del momento de esta respuesta) .https://github.com/mongodb/node-mongodb-native/releases
Y como tal, probablemente Mongoose todavía esté esperando para comenzar a usarlo. https://github.com/Automattic/mongoose/blob/master/package.json
Así que tienes que esperar hasta que estas cosas estén arregladas o, por supuesto, puedes intentar conectar las cosas por ti mismo hasta que se haga la adaptación oficial.
-- Actualizar --
Ahora funciona bien.
