db.collection('articles')
.find( {"_id.$oid": id} )
.
o incluso más específico:
db.collection('articles')
.findOne( {"_id.$oid": id} )
.
EDITAR:
Convertir cadena en tipo ObjectId antes de consultar
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
db.collection('articles')
.findOne( {"_id.$oid": new ObjectID(id)})
.
Referencia:Si tengo un ID de documento mongo como una cadena, ¿cómo lo consulto como un _id?