¿Cómo puedo migrar versiones de bugzilla a un nuevo campo personalizado de 'versión de origen' en redmine (qué sintaxis SQL necesito)?

Tu consulta

INSERT INTO custom_values
(Issue, issues.id, 4, versions.name)
SELECT * FROM issues INNER JOIN versions ON issues.fixed_version_id=versions.id;

debe modificarse a esto

INSERT INTO custom_values
(customized_type, customized_id, custom_field_id, value)
SELECT 'Issue', issues.id, 4, versions.name
FROM issues INNER JOIN versions ON issues.fixed_version_id=versions.id;

para que sea SQL válido.

Pero haría una copia de seguridad de la base de datos de todos modos... :-)