Me encontré con lo mismo hoy después de actualizar a 4.6.0, lo que hice para resolver el problema fue eliminar el contenido del directorio phpmyadmin excepto el archivo de configuración (config.inc.php en la raíz). Una vez hecho esto, volví a cargar 4.5.4, que se puede obtener desde aquí https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 simplemente haga clic en descargar zip en la parte superior derecha y, por cierto, este es su repositorio oficial.
