Gracias a Bertrand pude encontrar que la respuesta está en 'Projection '. En mongodb es '$ ', en mangosta es select . Así es como lo hice funcionar:
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Solo devuelve el elemento que coincidía con la identificación especificada en amigos.
