Elocuente fuera de Laravel con jenssegers/laravel-mongodb múltiples conexiones DB

Tienes razón, no tiene soporte nativo. Pero es fácil agregar:

composer require jenssegers/mongodb:*

y luego:

use Illuminate\Database\Capsule\Manager as Capsule;
use Jenssegers\Mongodb\Connection as Connection;

$capsule = new Capsule();

$capsule->getDatabaseManager()->extend('mongodb', function($config){
    return new Connection($config);
});