mongodb extrae todos los elementos de la matriz

No es así como funciona $pullAll. No puede especificar una condición coincidente, solo puede especificar una matriz de objetos para eliminar (que deben coincidir exactamente).

Afortunadamente, puedes usar $pull en su lugar (que acepta una condición coincidente):

db.coll.update({
'_id': 1
},{
 $pull : {
  n.d : {
     $lte : new Date(2000, 10, 11)
   }
 }
})

Tenga en cuenta que $pull también extrae todos elementos que coinciden, no solo uno.

Esto es ciertamente un poco confuso .